CAP
O Conselho de Autoridade Portuária - CAP é um órgão consultivo e normativo, criado pela Lei nº 8.630/93 e atualizado pela nova Lei dos Portos (12.815/13). Seus integrantes, chamados de conselheiros, são agentes públicos a quem foi confiada a missão de contribuir para o desenvolvimento dos portos organizados, buscando sempre a prevalência do interesse público, colaborando com a determinação dos rumos do porto, por meio de uma gestão participativa com a administração portuária.
Os Conselhos de Autoridade Portuária são constituídos pelos membros titulares e seus suplentes, representantes dos governos federal, estadual e municipal, e pelas respectivas entidades classistas, econômicas e associativas, nomeados pelo ministério competente para um mandato de dois anos, sendo permitida a recondução. O CAP do Porto do Itaqui atualmente é presidido pelo senhor Leonardo Cauê Martins, representante da Secretaria Nacional de Portos do Ministério da Infraestrutura.
CONSAD
O Conselho de Administração - CONSAD é um órgão de deliberação colegiada com a função de exercer a fiscalização e o acompanhamento dos atos da Administração e de sua Diretoria Executiva, conforme Estatuto da EMAP. É um dos seis órgãos constitutivos da administração da empresa, ao lado da Diretoria Executiva, Conselho Fiscal; Comitê de Auditoria Estatutário; Comitê de Elegibilidade e Conselho Consultivo do Complexo Industrial e Portuário do Itaqui.
É constituído por quatro membros escolhidos e nomeados pelo Chefe do Poder Executivo do Estado; pelo presidente da EMAP e por dois membros indicados pelo Conselho de Autoridade Portuária - CAP do Porto do Itaqui, sendo um representante da classe empresarial e outro da classe trabalhadora, observado o disposto na Lei Federal nº 12.815/2013, para um mandato de 2 (dois) anos, sendo permitida no máximo, 3 (três) reconduções consecutivas. O CONSAD do Porto do Itaqui atualmente é presidido pela senhora Rakel Dourado de Oliveira Murad
COMAE
O Comitê de Auditoria Estatutário - COMAE é um órgão auxiliar do Conselho de Administração, conforme artigo 32 do Estatuto da EMAP. É integrado no mínimo por três e no máximo por cinco membros, escolhidos e nomeados pelo Chefe do Poder Executivo do Estado, com prazo de gestão de três anos, sendo permitida uma recondução. O COMAE do Porto do Itaqui atualmente é presido pela senhora Maria Edwige dos Santos Pires.
CONFIS
O Conselho Fiscal - CONFIS é um órgão de deliberação colegiada a quem cabe, entre outras atribuições, acompanhar os atos dos administradores, verificando o cumprimento dos deveres legais, bem como acompanhar a execução patrimonial, financeira e orçamentária da EMAP, de acordo com o Estatuto da empresa e as normas previstas na Lei nº 6.404, de 15 de dezembro de 1976, relativas aos poderes, deveres e responsabilidades de seus membros.
É constituído por cinco membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados e destituíveis, a qualquer tempo, pelo Chefe do Poder Executivo do Estado, e com pelo menos um membro servidor público com vínculo permanente com o Estado do Maranhão, para um mandato de dois anos, sendo permitidas duas reconduções consecutivas, podendo ser exonerados a critério e por ato do Chefe do Poder Executivo do Estado do Maranhão. O CONFIS do Porto do Itaqui atualmente é presidido pelo senhor Vinícius César Ferro Castro.
CIPI
O Conselho Consultivo do Complexo Portuário e Industrial do Porto do Itaqui - CIPI é um órgão consultivo da EMAP, conforme Estatuto da empresa, a quem compete opinar sobre o Plano Estratégico de Desenvolvimento do Porto e áreas delegadas, bem como sobre os Orçamentos Anuais e Plurianuais de Custeio e Investimento; auxiliar na formulação de ações de apoio ao desenvolvimento da infraestrutura do Porto do Itaqui; e opinar sobre as medidas de captação de recursos tecnológicos e financeiros junto aos setores público e privado.
É composto pelo governador do Estado do Maranhão, que o preside, substituído, em sua ausência, pelo vice-governador; quatro secretários de Estado das áreas afins à atuação do Complexo Portuário e Industrial do Porto do Itaqui; três dirigentes de empresas que movimentem cargas no Itaqui; o presidente do Conselho Regional de Economia; um representante dos trabalhadores portuários do MA; dois professores de universidades públicas ou de institutos federais ou estaduais de educação; e um representante do Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas (SEBRAE). As indicações dos integrantes do Conselho são feitas pelo governador do Estado.